ところが、Skypeの設定をみても自動起動に関する項目は見当たりません。
困ったのでググったら、でてきました。

hayaseblog: MacでSkypeの自動起動をオフにする方法

なるほど。Windowsのスタートアップと似たような機能として、ログイン項目の管理というのがあるのですね。

１：システム環境設定を開き、

２：アカウント設定を開き、

３：ログイン項目タブをクリックし、

４：Skypeを選択し、下部の[-]ボタンを押して、項目を削除する

以上で、Skypeの自動起動がなくなります。逆に、自動起動させたい場合はここで追加すればいいのですね。なるほどなるほど。